古びた研究室の片隅で、奇妙な人形が目を覚ました。麻布を縫い合わせて作られた身体、腹部には大きなジッパー、背中には数字の“9”が描かれている。 自分が誰なのか、ここがどこなのか、彼にはわからない。 恐る恐る外を見ると、見渡す限りの廃墟が広がっていた。茫然とする彼の前に現れたのは背中に“2”と描かれたボロ人形だった。 2は壊れていた9の発声装置をなおし、自分たちは仲間だと語りかける。 自分が独りではない事を知り、ホッとする9。だが突如現れた巨大な機械獣の襲撃に2人は逃げまどう。2は9をかばって連れ去られてしまった。 気を失っていた9を助けたのは他のナンバーをつけた人形たちだった。リーダーの“1”、人のいい職人の“5”、風変わりな芸術家“6”、 そして腕力自慢の“8”。彼らは機械獣の脅威に怯えながらも、その小さなコミュニティで慎ましく暮らしていた。 9は彼らに2を救出に行こうともちかけるが、慎重で保守的な1に阻止される。気持ちを抑えきれない9は5を誘って機械獣たちの棲み家へと向かう――。

人類はなぜ滅びたのか？9体の人形は何のために作られたのか？戦いの中で次第に明らかになってゆく謎。未だ見ぬ黙示録が今、幕を開ける――。